故事讲述的是一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器，并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦。但当超梦醒来后，却因无法找寻到真正的自我而暴走。火箭队的老大出现在超梦的面前，用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事，但没过多少时间，超梦再次对自我感到迷茫。超梦回到那个复制它的岛屿，决定开始它的复仇之战。以隋俊波为队长的特工狂花们，经受荒岛上严苛残酷的训练，为执行抗日杀敌任务锻造自身，每个队员都有着不同的坎坷身世，或冷艳若霜，或豪情果敢，在教官（刘恺威饰）带领下完成了一个又一个危险使命。